KASP (Kompetitive Allele Specific PCR) 마커의 작동 원리는 특정 DNA 서열의 변이(variants) 또는 대립 유전자(alleles)를 구분하는 데 있습니다. 이 과정은 알렐 특이적인 확장을 통해 실시간으로 PCR (Polymerase Chain Reaction) 증폭을 모니터링하여 DNA 샘플 간의 유전적 다양성을 검출합니다.

KASP 과정은 다음 단계로 구성됩니다:

1. 알렐-특이적 프라이머 설계: DNA 서열의 특정 위치에서 변이를 구별할 수 있는 두 세트의 알렐-특이적 프라이머와 한 세트의 공통 프라이머를 포함합니다. 각 알렐-특이적 프라이머 끝에는 변이 위치에 상응하는 서열이 있어, 대상 DNA와 정확히 일치할 경우에만 확장이 일어납니다.

2. PCR 증폭: 샘플 DNA가 프라이머와 함께 PCR 혼합물에 추가되고, PCR 사이클을 통해 증폭됩니다. 특정 대립 유전자에 맞는 프라이머만이 대상 DNA와 결합하여 증폭을 시작합니다.

3. 형광 신호 감지: KASP는 또한 형광 염료를 사용하여 증폭된 DNA를 검출합니다. 각 알렐-특이적 프라이머는 서로 다른 형광 염료로 라벨링되어 있어, PCR이 진행됨에 따라 특정 알렐이 존재하면 해당 염료의 형광 신호가 증가합니다. PCR 사이클이 끝난 후, 형광 신호의 변화를 분석하여 어떤 알렐이 샘플에 존재하는지 결정할 수 있습니다.

결국, KASP 마커는 높은 특이성과 민감성으로 특정 대립 유전자의 존재를 빠르고 정확하게 검출할 수 있는 모더나이징된 방법입니다. 이는 식물 육종, 유전병 연구, 인구 유전학 등 다양한 분야에서 유용하게 활용됩니다.